Les objectifs et missions du PREBAT sont fixés par un protocole entre : 

Le pilotage scientifique du PREBAT est assuré par quatre groupes coordonnés par un comité d’orientation stratégique et d’animation :

• le groupe « technologies » présidé par Denis Clodic ;
• Le groupe « socio-économie » présidé par Pierre Weltz ;
• le groupe « bâtiments existants » présidé par Jean-Paul Dallaporta ;
• le groupe « bâtiments neufs » présidé par Michel Macary.

Ces quatre groupes sont chargés de définir les thèmes de recherche et de lancer des appels à propositions en direction de l’ensemble du secteur : industriels, maîtres d’ouvrage, architectes, maîtres d’œuvre, entreprises, équipementiers, gestionnaires d’équipements techniques, centres techniques, organismes professionnels, laboratoires de recherche, consultants, universités…

Le comité d’orientation stratégique exerce une fonction de coordination sur les autres groupes. Il est porteur des préoccupations transversales du PREBAT et mène les réflexions sur l’ingénierie financière et les rapports  avec les professionnels et les filières techniques.

Le groupe « technologies » est responsable des recherches dans le domaine technologique, tant en amont qu’en aval, au niveau des structures techniques élémentaires du bâtiment et de leur assemblage. Il prend en compte les avancées scientifiques, ainsi que les verrous identifiés. Son champ d’intervention comprend également les équipements.

Le groupe « bâtiments existants » est chargé de proposer des orientations de recherche technologique et des réalisations de rénovation performantes pour les divers segments du parc. A cet effet, il définit des programmes d’expérimentation et en assure le suivi. Il s’appuiera sur un important volet d’études sur le parc existant. Il valorise les résultats et de façon générale propose des recommandations aux acteurs publics et privés.

Le groupe « bâtiments neufs » a pour responsabilité de proposer des bâtiments nouveaux avec des performances remarquables. Il est également chargé de définir des concepts cibles pour des bâtiments à énergie positive, et de mettre en place les étapes qui en permettront l’accès (modalités de conception, nouveaux modules technologiques,…). 

Le secrétariat de programme, placé auprès du Directeur Général de l'Urbanisme de l'Habitat et de la construction (DGUHC - PUCA) prépare, coordonne et met en œuvre les décisions des groupes. Il prend toutes initiatives nécessaires à leur bonne marche, notamment l’évaluation,  la valorisation et la diffusion de leurs résultats.